When절 이하가 간접의문문이네요. 의문사 when은 완료시제라 쓰지않기 때문에 앞문장이 맞습니다.

when she had died가 맞을듯 합니다. when이 ~할때 라는 의미일때에는 완료시제와 쓸수 없는 경우가 많지만 이 문장의 경우 언제 ~했는지 라는 의미로 해석하는것이 더 적절하고 내가 wanted 했던시점보다 그냐가 죽었던 시점이 대과거라고 추측하는 것이 합리적이므로 그녀가 죽었다는 내용을 had died(대과거)로 표현합니다.