1. encounter 는 ing 를 목적어로 취하질 않고요.
(동사의 의미상 명사구만 취하네요)

2. 1 을 무시하고, encounter 가 동사라면,
주절의 과거시제와, 관계사절의 현제시제의 충돌이 조금 걸리는군요.

어쨋든 1의 이유때문에 의미를 따지기 전에 형태적으로 비문입니다.

주어가 encountered 까지고 measure이 동사같은데요.

그렇게 해석 하시면 안됩니다.여기서 Most는 주어로 사용된 명사입니다. 그 뒤에 전치사구(the productivity measurement schemes )의 수식을 받는겁니다. 전치사에 걸린 명사구가 좀 긴편이라 까다롭게 느껴지죠, 다시 그뒤에 I have encountered가 생산성 측정 계획을 수식해주는 형용사절입니다 . 그러니까 most라는 주어의 본동사는 measure이며 이 문장의 동사 역할을 해야하므로 ing가 붙으면 안되는 거지요