관용적으로 쓰던 표현이라 왜 이런 표현은 되고 다른 표현은 안 되는지는 설명하기 힘들것 같습니다.
at night은 일반적인 밤을 말하며, in the night은 특정한 시점의 밤을 말할때 기본적으로 사용된다 봅니다.
예를 들면, At night, he usually stays up to study. / He woke up twice in/during the night.
부족한 설명이라 죄송 ^ ^

boewoo96님이 설명을 잘하셨습니다. ^ ^*

전치사의 의미를 이해한다면 쉽게 이해가 될 겁니다.

at은 정점, 점을 찍는다 생각하세요. 딱 그 지점, 한 순간의 동작이 이루어지는, 그러니까 at night은 일반적인 \밤에\ 어떤 동작의 순간적 지점.

in은 안 속에... at보다 길이가 길죠. 그래서 in the night은 \밤중에, 야간에\ 어떤 행동이 지속되는 것.

감사합니다.

이라님 설명고맙습니다. 명쾌하네요 ^ ^