둘다 사용됩니다. 늬앙스가 약간 다릅니다. 전자는 긴머리소녀가 내 동생이고 후잔 내 동생인데 긴 머리를 가졌어 입니다.

그런데 어떤걸 맞다고 해야할지 모르겠어요
정작 학교시험에서 나왔을때 어떤걸 선행사로 보라고 가르쳐야할지 모르겠습니다ㅠㅠ

이는 전체 문장과 연계하여야 합니다. 하나의 문장만 보면 틀린 것은 없고요. 또한 늬앙스의 차이는 둘다 맞습니다만. 정확하게 이야기하면
1) the girl who has long hair(주어부) is my sister(서술부)입니다. 2)번은 long hair가 서술부에 있습니다. 이는 주어부는 미리 알고 있는 긴머리를 가진 소녀가 내 동생이다는 것이고요. 2번은 화자는 몰랐던 여자인데 그녀가 내 동생인데, 내 동생은 긴머리를 가졌다 정도입니다.