묵시적갱신(자동연장)인 상태로 이사통보후 3개월이 지나면 계약만기를 인정받습니다.
물론 당초 계약종료일이 3개월보다 가까울시는 그 때가 만기일이 되는것이구요.

집주인이 좋은사람이라면 오래산사람의 경우 편의를 보아주는 경우도 간혹있으나 대부분은 그렇지 않기에 님의 문제는 그 집이 계약이 되지 않을시 정상적으로는 3개월내에 보증금을 받을 수 없다는데 있습니다. 어떻게든 집주인과 협의하여 두 달치정도 월세를 내고 보증금을 받는 방법을 강구해보셔야겠습니다.

집주인은 아무리 계약만료된지 오래됐더라도 3개월이내에는 보증금을 반환할 의무가 없다는 말씀같네요
맞나요?

예 임대법상 묵시적갱신조항이 그렇습니다. 그렇기에 3개월전 계약되면 다음계약자의 이사전일까지의 임대료만 정산하면 되나, 계약이 되지 않을시는 다른 방법이 없지요.