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질문 내용 :

What is the matter with you? = What is the matter with you.= 보어 자리에 있는 the matter with you와 what 사이에 =의 관계가 성립하죠.
주어 + 동사 + 보어 의 2형식 문장에서 주어가 빠져있는 것이죠.

what is your motive for giving it ? = What is your motive for giving it.= 여기서 what = your motive for giving it 이 성립하므로 주어로 보면 되겠군요.--------------------------------------------------------

1.위와 같은 글을 봤습니다.

여기서 = 관계가 성립한다는게 뭐죠 ?

그리고 the matter이 주어가 되고 what이 보어가 될 수 도 있는거 아닌가요 ?

마찬가지로 your motive for giving it 이 주어가 되고 what이 보어가 될 수 있는거 아닌지요 ?

what is it likely to be worth ? = It is likely to be worth what. = 그것은 what의 가치가 있을 것 같다.
= is(be) likely to는 ~일 것 같다 정도로 해석하시면 되구요.Be worth는 ~의 가치가 있는의 뜻으로 뒤에 명사를 가집니다.what은 be worth의 목적어겠군요.또한 여기서는 what = it likely to be worth 가 성립되지 않기에 주어로 볼 수 없기도 하군요.
밑줄 친 부분도 이해가 안되네요.