enclose in 이 무엇으로 둘러싸다인데,,

목적격 관계대명사 that 생략... 그리고 it은 주어 encloses는 동사 가 이어서 나오는게 당연하죠... in(전치사)의 목적어가 that으로 바뀌어 목적격관계대명사로 되어 생략된거죠~

?

그럼 관계부사였던거에요?

it 이 분자이고,,, 앞에 the molecules 도 분자이고 that이 생략된거고

it이 분자일수는 없죠~ 분자는 복수로 쓰였으니 they로 받아야 겠죠~

아마도 it은 brucei를 가리키고 itself도 미생물자신을 말하는 듯한데요~

t.brucei, the microbe responsible for causing chronic sleeping sickness, does not stop switching the molecules (that) it encloses itself in.
해석: 만성수면질환을 일으키는 미생물인 브르스파동편모충은 자기자신을 에워싸고 있는 분자로 바꾸는 것을 멈추지 않는다.